Akcja gry toczy się w pięć lat po wydarzeniach książkowych. Wojna z Nilfgardem wywołała wielkie straty ludnościowe. Wielu wojowników, chroniących ludzkość przed różnorakim złem, poległo na polu chwały. Na spustoszonych ziemiach, niegdyś tętniących życiem, zalęgło się plugastwo uniemożliwiające ich odbudowę. W ciężkich i strasznych chwilach, wielu ludzi zaczęło zadawać sobie pytanie: gdzie są wiedźmini? Społeczeństwo starało się polepszyć warunki życia. Tak powstał Zakon Płonącej Róży. Zakon ludzi, którzy w imię swoich Bóstw ruszali z mieczem w dłoni, aby walczyć o lepsze jutro. To jednak nie wystarczyło. Na ścieżkach i na głównych drogach, podróżnicy coraz częściej natrafiali na ghule, wierny, archeopsy i tym podobne monstra. Mało tego, mimo niedawno podpisanego pokoju w Cintrze, istniał wyraźny podział na ludzi i nieludzi. Coraz częściej dało się słyszeć powstańcze krzyki namawiające do zbrojnego wystąpienia przeciwko elfom, gnomom i krasnoludom.
W owym okresie, któregoś burzliwego dnia, na obrzeżach Kaer Morhen, wiedźmini znaleźli osobę, która niegdyś zmieniła przyszłość. Nikt jeszcze nie wiedział, że również tym razem Geralt odegra jedną z kluczowych ról w szykującym się konflikcie. W grze odwiedzimy wiele miejsc znanych z prozy Sapkowskiego. Przechodząc poszczególne etapy, białowłosy zdobędzie odpowiedzi na dręczące go pytania odnośnie swojej przeszłości. Dowie się, co działo się w poszczególnych miejscach przez okres jego nieobecności. Podczas rozgrywki natkniemy się na postaci, które przypomną Geraltowi fragmenty z jego życia sprzed pięciu lat.
Tymczasem konflikt na tle rasowym powiększa się. Nieliczne komanda Scoia'tael, które w ukryciu przetrwały okres powojenny, przygotowują się do ataku na miasta i wsie ludzkie. W miastach istnieją grupy nazywane salamandrami, winne wielu zabójstw i bestialstw. Wiedźmini opuszczają Kaer Morhen, aby zapewnić swojemu światu pokój, aby zapewnić ludziom to, za co drzewiej walczyli przez wieki: bezpieczeństwo. Niegdysiejsze poglądy Geralta ulegają zmianie, a największy wpływ na to ma nie tyle Geralt, co ludzie, którzy od czasów wielkiej wojny ulegli radykalnej zmianie. Nie odróżniają dobra od zła, dla wielu granice między obiema tymi doktrynami zostały przesunięte w niepojęte strony. Władza kieruje się chorymi ambicjami, które pogarszają stosunki z innymi królestwami i prowincjami. Nadchodzi wojna, która zapowiadana była przez wieki. Nadchodzi czas miecza i topora, czas wilczej zamieci. Przygoda białowłosego wiedźmina rozpoczyna się na nowo.